El atractivo más importante de la Isla de la Luna es el Inakuyu, o Templo de la Luna. Ascendiendo tres niveles de terrazas de cultivo desde el puerto, llegando a una explanada, se encuentran las ruinas del templo. La construcción cuenta con 35 habitaciones y puertas talladas. Todo el conjunto habitacional tuvo dos plantas y en su frontis se aprecian figuras escalonadas y nichos trapezoidales. Junto a la fachada se localiza un patio donde se realizaban ceremonias como el Cuya Raymi Killa, que coincidía con el equinoccio de Primavera.
Durante el Incario, el Templo de la Luna fue un “AjIIa Wasi” o “Casa de las Escogidas Vírgenes del Sol”, el cual acogía a las mujeres más nobles del imperio, donde aprendían las labores y oficios como hilar, tejer y cocinar, con el fin de ser elegidas como concubinas del emperador. Se dice que en la isla sólo podía entrar el Inca, la máxima autoridad del imperio. Otros investigadores aseguran que también se purificaban las jóvenes destinadas a los sacrificios humanos.